1、外形不同：泥鳅外形像鲶鱼，身长比黄鳝短，身体呈扁平形状，颜色为青黑色；黄鳝身体细长、圆润，身体表面有粘液，因此较光滑，颜色有青、黄两种。
2、科属不同：泥鳅属于鲤形目、鳅科、花鳅亚科。黄鳝属于鱼纲、合鳃目、合鳃科、黄鳝亚科。

3、生活习性不同：泥鳅在底泥中或水的底层淤泥中活动，且喜昼伏夜出，长期在黑暗环境使其视力退化；摄食淤泥中藻类等底栖生物，也取食浮游动物；除了用鳃呼吸外，还能进行肠呼吸，所以它对低溶氧的忍耐力很强。黄鳝日间喜在多腐植质淤泥中钻洞或在堤岸有水的石隙中穴居，白天很少活动，夜间出穴觅食；黄鳝为肉食凶猛性鱼类，多在夜间出外摄食，能捕食各种小动物，如昆虫及其幼虫，也能吞食蛙、蝌蚪和小鱼；鳃不发达，借助口腔及喉腔的内壁表皮作为呼吸的辅助器官。
. 品种不同：泥鳅属于鳅科，全年都可采收，可鲜用或烘干用，也可食用、入药，被称为“水中之参”；黄鳝属于合鳃鱼科，产期在6-10月，以6-8月所产的最肥，营养价值甚高。
2. 科属区别：泥鳅属于鲤形目鳅科泥鳅属，黄鳝属于合鳃鱼目合鳃鱼科黄鳝属。
3. 外观区别：泥鳅的头部比黄鳝的小，泥鳅有胡子而黄鳝没有，泥鳅的尾巴比较宽，黄鳝的尾巴比较尖。
