厦门航空是南航旗下的子公司，是独立运营的。
厦航（厦门航空有限公司）是南航（中国南方航空集团有限公司）的控股子公司。 厦门航空有限公司现股东为中国南方航空股份有限公司（55%）、厦门建发集团有限公司（34%）和福建省投资开发集团有限责任公司（11%）。由此可见，中国南方航空股份有限公司掌握着厦门航空有限公司55%的股权。 厦门航空公司是仅次于中国南方航空公司的第二家在台湾降落的大陆航空公司。厦门航空公司于2012年11月21日正式加入同盟，成为继中国南方航空公司、中国东方航空公司和台湾中国航空公司之后，联盟的第19个成员和大中华区的第四个成员。
