1、介质不同。
油性马克笔，墨水不能溶于水，而是溶于酒精，水性马克笔墨水易溶于水。
2、效果。
油性马克笔，色彩柔和，挥发快，干后颜色会变淡。 水性马克笔，颜色鲜艳，笔触清晰，多次覆盖后色彩变浑浊，但是干了之后不易变色，稳固性非常好
3、适合画纸不同 。
油性马克笔，画纸的渗透力比较强，所以描图纸或者叫硫酸纸比较适合它，一般用于室内透视图的绘制，在朔料材质上画不容易擦掉。 水性马克笔通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画。用来画人物画比较好。在朔料材质上画很容易擦掉。
4、缺点不同。
油性马克笔的缺点是颜色饱和度差，而且颜色干了之后会变淡。 水性马克笔的缺点是不能叠加上色，使用多种颜色，画面会很脏
