最有效的方法是：用硫酸铜全池泼洒，使池水含药为每立方米0.7克，在下风处要重洒；隔1-2天后，藻体死亡分解，适当加入新水，改善水质。
利用甲藻在水温、pH值等环境突然改变后将会大量死亡的特性，当它大量繁殖时，用加入大量新水和撒入石灰的办法，抑制其繁殖生长。
1、杀。采用消毒配合“生物底改”等粉剂产品，进行消杀水体中的甲藻；
2、解毒。甲藻死亡后会分泌大量毒素，必须还得解毒；
3、改底增氧。水体中有机质过多，也是造成甲藻爆发的诱因；
4、用菌。一般使用复合芽孢杆菌来分解水体有机物，以改变水体营养结构；
5、培藻相。适量补充矿物质微量元素让硅藻等有益藻成为优势群体，彻底争夺甲藻生存的环境和营养。对于以上我们常见处理甲藻的方法，基本会经历5步，每一步都需要使用不同的产品，尤其在第1步骤，“杀”比较麻烦，而且“杀”的用药量逐渐加大，副作用不可避免，成本很高。
