会被扣工资。自离是违法的，劳动者要承担相关法律责任。如果劳动者是普通员工且处于试用期内自离，用人单位可以要求劳动者赔偿招聘费用、培训费用;如果你是正式员工自离给公司造成经济损失，用人单位可以要求你赔偿经济损失。如果签了保密协议，自离后劳动者不能在与原工作单位有竞争关系的单位工作，也不能将在原单位知道的信息外传，否则构成不正当竞争，要承担赔偿责任。如果泄露的秘密价值很大，给对方造成了重大损失，还有可能构成犯罪。 签订竞业协议的，在协议有效期内，不得在与原单位有竞争关系或同类企业中工作，否者，原来单位可以向劳动者主张赔偿。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《工资支付暂行条例》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
