菌种纯化法是从菌种的细胞或孢子群体中淘汰衰退个体，分离和保存优良个体，从而保持菌种单纯性和优良性能的方法。
在微生物工业生产中，菌种呈现出巨大的自然变异能力，这种自然变异的结果往往导致菌种退化，表现出生活力减弱、产孢子能力下降和发酵产物合成能力降低等。造成菌种退化的本质原因是基因突变。
1、首先，菌种的分离是整个工作的第一个关键步骤，分离培养基的确定，分离培养条件的选择，如培养温度、湿度、好氧或厌机培养等，在分离的最初阶段一般不给予严密的培养条件，尽可能分离到尽可能多的纯菌种。
2、在这种情况下，在菌种的分离阶段可以选用广泛的分离培养基，各种分离培养基中还应针对性地加人目的酶产生菌的作用底物。分离对象可包括细菌、真菌、酵母菌及放线菌等。
3、分离条件也应做到多样化，比如吸取的土样稀释液量的控制、不同的培养温度选择等。分离到的单菌落应立即转移到分离成分一致的新鲜斜面上，等获得纯培养之后就可着手进行初筛。
4、菌种的初筛有两种方法，用简单的定性反应进行初筛，在最初分离阶段就给予特殊的培养基或培养条件，进而让目的菌株得以繁殖，尽可能地把只成为目的菌的菌株或只将其最适菌株的一株纯化分离。总之，初筛的目的就是要用最简单和最快捷的方法来对大量的待筛菌进行测试。
5、目的酶产生菌高产突变体的获得，高产突变菌种有着十分重要的意义。首先，高产突变株常常能够比亲株产生高出很多倍数量的酶。在另外一些情况下，突变株能够产生比较少的不需要的酶或其他代谢产物，因而有利于酶的回收和提纯。
6、最后，获得高产突变株的方法，采用物理和化学因子来处理微生物，并使其发生变异。常用的化学诱变剂有氮介子气、亚硝酸、硫酸二乙酯、环氧乙烧、乙烯亚胺等。物理因子有:紫外线、X射线、7射线等。另外，还有其他的一些方法。
