在日常农业生产中，枯草芽孢杆菌主要用于防治植物的真菌性病害，对一些细菌性病害也有效果；一些菌株对导致食品腐败及采后果实病害的细菌、霉菌和酵母菌也有一定的抑制作用。对于枯草芽孢杆菌敏感的致病菌有嫌刀菌、曲霉属、链格抱属和丝核菌属等。
该菌用于防治豆类、麦类、棉花、花生和苗木的根部病害，蔬菜、水果上发生的细菌和真菌性病害。可防治的病害种类有：大豆根腐病，水稻纹枯病、稻瘟病，小麦赤霉病、纹枯病，棉花灰霉病、枯萎病、立枯病、霜霉病、炭疽病、疫病，烟草青枯病，茄子灰霉病，番茄灰霉病、叶霉病，黄瓜白粉病，苹果霉心病，苗木的根腐病和枯萎病等。
枯草芽孢杆菌作为一种生物活性制剂，是通过在植物体内或表面迅速繁殖占位，抢占生存空间，结合繁殖时产生杀灭病菌繁殖体和及对细菌、真菌等病原体产生生长抑制的抗生素物质等，进而达到杀灭体表或体内病菌，保护农作物健壮生长的目的，当前也是农作物绿色防控技术及有机农业种植中经常使用的主要药剂。
枯草芽孢杆菌药剂目前以可湿性粉剂为主，兼有少量可分散油悬浮剂，水剂、悬浮剂和微囊粒剂，枯草芽孢杆菌通常以每克药剂中含有多少个活芽孢表示其含量多少，一般活芽孢数量越多，效果越好，目前等级生产的活芽孢数量最高10000亿个，最少1亿个，其中以1000亿个的最多。枯草芽孢杆菌使用方法多样，即可根施，冲施，也可以喷施等，虽然枯草芽孢杆菌对多种作物的多种病害都有很好的效果，但是截止目前登记生产粮食作物有4中8个病害，蔬菜作物有5种13种病害，而经济作物可以使用作物有8种14个病害，果实可以使用的作物有2种5种病害。其具体登记使用的作物和防治对象具体如下：
粮食作物：小麦赤霉病、全蚀病，水稻纹枯病、稻曲病、稻瘟病、白叶枯病，玉米大斑病和马铃薯晚疫病。
蔬菜：黄瓜白粉病、枯萎病、灰霉病、霜霉病、根腐病，大白菜软腐病、根肿病，辣椒枯萎病，番茄灰霉病、青枯病、立枯病、黄萎病和茄子黄萎病。
经济作物：草莓白粉病、灰霉病，棉花黄萎病，烟草黑脚病、青枯病、野火病，三七根腐病、人参黑斑病、灰霉病、根腐病、立枯病，西瓜枯萎病，香蕉枯萎病，地黄枯萎病
果树：柑橘溃疡病、绿霉病、青霉病，苹果轮纹病、白粉病。
因为不同含量、不同厂家使用时具体用量及使用方法有所不同，生产上使用枯草芽孢杆菌时应根据标签使用说明和推荐使用方法及剂量进行使用，以确保防效，不宜超作物和超登记防治对象使用，以免出现效果不好等现象。
