1、行政级别不同
福州市的行政级别是地级市，福清市的行政级别是县级市。
2、行政管理上级不同
福州市隶属于福建省，由福建省直管，福清市隶属于福建省，由福州市代管。
福州，别称榕城，简称福、榕，隶属于福建省，位于福建省东部、闽江下游及沿海地区，是福建省省会，福建省的政治、文化、交通中心，海峡西岸经济区中心城市之一。
福清（古属福州府福清县），福建省辖县级市，由福州市代管。简称“融”，雅称玉融。位于福建省东部沿海，地处福建省海峡西岸经济区中部枢纽和省会中心城市福州南翼，素有“文献名邦”之称誉。
3、下辖区域不同
截至2019年，福州市辖鼓楼、台江、仓山、晋安、马尾、长乐6个区，闽侯、连江、罗源、闽清、永泰、平潭6个县，以及县级市福清。
截至2019年，福清市下辖7个街道、17个镇，设立52个社区、438个村：玉屏街道、龙山街道、龙江街道、音西街道、宏路街道、石竹街道、阳下街道，海口镇、城头镇、南岭镇、龙田镇、
江镜镇、港头镇、高山镇、沙埔镇、三山镇、东瀚镇、渔溪镇、上迳镇、新厝镇、江阴镇、东张镇、镜洋镇、一都镇。
4、政府驻地不同
福州市政府驻地为鼓楼区安泰街道乌山路24号；
福清市政府驻玉为屏街道一拂街114号。
5、气候条件不同
福州属典型的亚热带季风气候，气温适宜，温暖湿润，四季常青，阳光充足，雨量充沛，霜少无雪，夏长冬短，无霜期达326天。
福清南近北回归线，属南亚热带海洋性气候，温暖湿润，夏无酷暑，冬无严寒，年平均气温21.1°C。
