第一部分(1—4自然段)：尼尔斯发现自己变小以后想去找小狐仙讲和。
第二部分(5—29自然段)：尼尔斯想寻求动物们帮助找到小狐仙，可是谁都不愿帮他。
第三部分(30—48自然段)：男孩尼尔斯在墙头上听见家鹅和大雁的对话，为了不让父母伤心，扑上了即将飞走的雄鹅。雄鹅载着尼尔斯飞到了高空，离开了家园。
《骑鹅旅行记》的中心思想是告诉我们，要做一个勇敢、热心的孩子，还要善于去帮助别人。
尼尔斯通过勇敢和智慧，帮助野鹅群战胜狡猾的狐狸，成功解救一只野鹅，才缓和了尼尔斯和野鹅群紧张的关系，也为尼尔斯赢取了阿卡的信任。
只有人和动物互相取得信任和尊敬，才可以和谐共处。尼尔斯通过自己的智慧、勇敢和真诚成功化解了人和动物之间的矛盾，说明人和动物是能够成为好朋友的。
尽管这些故事看似荒诞，但是作者却告诉读者这样一个简单的道理，人只要善待动物、善待自然，学会与动物协作，与自然相处，人将会和自然成为最亲密的伙伴。
