“舍本逐末”与“本末倒置”这两者都有轻重颠倒、主次不分的意思，但还是有区别的：
一是意义不同。“舍本逐末”是指舍弃事物的根本的、主要的部分，而去追求细枝末节，指轻重倒置。“舍本逐末”多指处理事情而言。“本末倒置”的意思是把根本的和枝节的弄颠倒了，比喻把主要事物和次要事物或事物的主要方面和次要方面弄颠倒了。“本末倒置”多指评论事理而言。
二是用法不同。“舍本逐末”作谓语部分时，主语多指一件事，一种做法，比如，在工作上不抓重而抓细枝末节，那就是舍本逐末。而“本末倒置”作谓语部分时，主语多指一种理论，一种说法。比如，你这种说法显然是本末倒置。
“舍本逐末”作定语时，多用“办法”“方法”“措施”“做法”等为中心词，比如，这是舍本逐末的方法。而“本末倒置”作定语时，多用“说法” “提法”“结论”等为中心词，比如，这是一个本末倒置的说法。
