所谓的炼金术，就是以“等价交换”为原则，物质的理解、分解、然后再构筑的这个世界上最先端的科学学术。在炼金术的领域中，最大的“禁忌”就是“人体炼成”。因为思念已故的母亲，失去了一切的年幼的兄弟打破了禁忌。
装着机械铠的，背负着“钢之炼金术士”之名的哥哥，爱德华·艾尔利克，灵魂附着在巨大的铠甲上的弟弟，阿尔方斯·艾尔利克。两人为了夺回失去的东西，开始了寻找“贤者之石”之旅。
随着兄弟两人离“贤者之石”的真相越来越近，也不断地被卷入巨大的阴谋的漩涡之中。
幕后操纵的强大阴谋者的存在。渐渐地露出本性的军事国家亚美斯多利斯受虐的民众的无止尽的憎恨和复仇的意念。炼金术招致的无数悲剧。散在的悲剧最终连成一条线，将人们，民众，甚至国家全部卷入其中。
即使处于绝望和希望的狭缝之中，艾尔利克兄弟依然继续前进。
