鉴别凤眼菩提的好坏，主要从以下几个方面来判断：
1、皮质：尼泊尔凤眼的皮质是所有产地凤眼皮质最好的，密度最好的，而密度和皮质是直接影响盘完最后效果和皮壳包浆的最最关键因素，这就是为什么只有尼泊尔的凤眼才能盘念成深枣红色的原因！而国产印度的凤眼就会发乌，因为只有尼泊尔的凤眼才是最正宗的原来的种，其他地区的都是嫁接种。
2、尺寸：如前所言，11mm以下都是没成熟即采摘的炒作品种无价值但价格高，正常的成熟的凤眼菩提子百分之九十九的尺寸都是13-15的。12mm以下，16mm以上的都少。
3、种：因为凤眼小的被炒作的很贵，而酸枣核尺寸小的很多，而且有些酸枣核价格稍微便宜一点，所以有些人把酸枣核冒充凤眼卖，这个有凤眼标本的就不容易被骗。
4、处理方法：因为处理方法不一样，凤眼习惯被划分为酥油凤眼和水凤眼，这是指处理凤眼原果的时候是用酥油浸泡和用水浸泡的区别。传统尼泊尔凤眼都是酥油处理的，近两年酥油涨价，一些无良商家开始采用水浸的方法，但这样得到的凤眼不地道也不耐用，故而应该购买时应该警惕。
5、产地：尼泊尔北部高海拔地区所产凤眼要好于国产嫁接所产凤眼。
