1、性质不同：单不饱和脂肪酸是含有1个双键的脂肪酸。多不饱和脂肪酸是含有两个或两个以上双键且碳链长度为18～22个碳原子的直链脂肪酸。
2、特点不同：多不饱和脂肪酸通常分为omega－3和omega－6，在多不饱合脂肪酸分子中，距羧基最远端的双键在倒数第3个碳原子上的称为omega－3；在第六个碳原子上的，则称为omega－6。单不饱和脂肪酸(MUFA)作为膳食脂肪酸中的一类,具有特殊的生理功能和独特的物理、化学特性。
3、作用不同：多不饱和脂肪酸提高脑细胞的活性，增强记忆力和思维能力。单不饱和脂肪酸降血糖，调节血脂等
