九元航空为低成本航空公司，实行差异化服务。部分机票由于价格较低并不包含免费的托运行李额。
线上可购买的行李额度等级为：5公斤、10公斤、20公斤、40公斤。线上行李收费将所有国内航线按航距分为三档：0-800公里、800-2000公里、2000公里以上。根据航距的不同以及四档公斤数的不同进行差异化收费。
逾重行李费率以每公斤按普通票价的1.5％计算，金额以元为单位，尾数四舍五入。旅客的托运行李，每公斤价值超过人民币100 元时，可办理行李的声明价值。
托运行李的声明价值不能超过行李本身的实际价值。每一旅客的行李声明价值最高限额为人民币8,000 元。如九元航空对声明价值有异议而旅客又拒绝接受检查时，九元航空有权拒绝收运
