鱼缸过滤器是通过一定的原理将鱼缸中的杂质吸附，再清理出来，还给鱼儿一个健康清洁的家园。鱼缸过滤器的过滤原理有四种，鱼缸过滤器的方式必须要达到两种或两种以上才算合格。
物理过滤：物理过滤是比较表面的清理方法。鱼缸过滤器就是运用机械的办法将鱼缸中的大型杂质捞出，比如：鱼儿吃剩下的私聊、死鱼的尸骨、鱼儿的排泄物、分泌物。呕吐物、体表粘液等等有害杂质。物理性质的鱼缸过滤器一般是用海绵、喷胶棉、细网目的尼龙网、棕榈叶纤维等。一般都是放在浴缸过滤器的前方。
化学过滤：化学过滤器是运用一些化学药剂对鱼缸中的水进行清洁。所使用的制剂有水质安定剂、絮凝剂、除藻剂、蛋白质分解剂、除臭剂等等。化学性质的鱼缸过滤器是对水质本身进行一些净化，而不是对水中大颗粒物质进行排除。
生物过滤：这是一种很具有科学性质的过滤方法，需要很专业的人员进行操作，一般都是在大型水族馆才使用。生物性质的鱼缸过滤器可以通过培养细菌等等来增加水中的营养，促进鱼儿的生长。常用的滤料有：生化球、陶瓷环、玻璃环、珊瑚砂等等。

