协作和协同主要有含义、词语来源和侧重点三个方面的区别：
1、含义不同
协作就是从旁帮助，辅助。可以是别人协助自己，也可以是自己协助别人。
协同是指协调两个或者两个以上的不同资源或者个体，一致地完成某一目标。协同还有有团结统一的意思，而协作没有此意。
2、词语来源不同
协作一词出自明末小说家冯梦龙《东周列国志》第五回：只有宋国忌公子冯在郑，实心协助。
意思是：只有宋国因为怕他们前君主的儿子公子冯在郑国，所以才真心帮助郑国。
协同一词来自古希腊语, 或曰协和、同步、和谐、协调、协作、合作。
3、侧重点不同
协作强调一方或多方对主要的一方提供帮助、辅助，其作用有主次之分。
协同强调互相配合，双方或多方起到的作用无主次之分。
