你好，针对这个问题主要有以下两点
前提是小型企业，贵公司开具发票是开具3%的增值税普通发票，还是需要开具几个点的税率发票。
1:增值税方面，个人独资企业与一人有限责任公司保持一致
2:企业所得税方面，有限公司年利润100万以内，企业所得税5%(根据利润的多少来纳税)。个人独资企业没有企业所得税
3:个人所得税，有限公司股东利润分红税率20%。个人独资企业根据5%~45%税率来缴纳(上海有核定税率政策，咨询等行业可核定到3.5%税率固定纳税)
4:附加税，附加税两者一致
综上，如你的利润在小几十万内，无论成本发票少不少，开出去发票多不多，注册个人独资企业和有限公司没有多大区别。
如果利润较多，所在城市有核定政策，建议注册个人独资(不可以是房产，文化，律师事务所等行业)
如果成本发票足够可计量，可冲抵，建议有限公司。
希望可以帮到你。
