1.优选高抗性品种
据研究显示，目前国内品种对番茄病毒病的抗性较差，而国外的品种对病毒病菌抗性较强，尤其是番茄黄花曲叶病毒抗性更加明显，所以在选择种植品种时一定要严格把关，选择抗性强的品种，瑞士先正达、荷兰瑞克斯旺、以色列海泽拉、河北东秦种业等都有高抗该病毒的番茄品种。此外，选用没中过十字花科、葫芦科、茄科类作物的地块，培育无病虫害壮苗，也是减少病毒病发生的一个重要途径；病情严重地块也可以与青椒、西葫芦等作物进行轮茬种植。
2.加强病虫害防治
因为烟粉虱、白粉虱是番茄病毒病菌的主要传播媒介，所以在烟粉虱防治上，一定要加强前期预防和控制，及时有效得进行防治。
3.科学水肥管理
在施肥上，既要施足底肥，根据不同生育期的需要及时追肥，同时增施有机肥、微生物菌肥，要控制使用氮肥、增施磷钾肥、种植中微量元素的根外追肥；在浇水上，既要保持土壤湿润，又不要大水漫灌，最好采取薄水勤浇、少量多次的浇水方法，这样能够培育壮苗、壮棵，提高番茄植株自身的抗病害能力。
4.科学药物防治
就目前来说，目前市场上暂时还没有能彻底根治番茄病毒病的特效药物，这也是病毒病发病后防治难、易流行、损失重的重要原因。建议在病发初期时，及时喷施病毒抑制剂（如病毒A500、分忧800等）+基因活化剂复配药物，以保护番茄植株健康，降低病害的发病范围。大家也不防试验下面这个配方：用15克72％农用链霉素+20克20％井冈霉素+10克奇农素+50克尿素溶液+25克全能锌+15公斤水+适量洗衣粉溶液，或者用75克脱脂奶粉+1片医用吡哌酸+25克全能锌+15公斤水，或10克奇茵+25克全能锌+15片医用病毒灵等，进行喷施，对防治病毒性具有不错的效果。
