《蚁人2》的剧情发生在《复仇者联盟3》之前，但其彩蛋的时间线则与《复联3》并行。
早在《复联3》上映时，很多网友就好奇蚁人去了哪里，而通过《蚁人2》的彩蛋，观众也得到了一个合理的解释，蚁人一直在和黄蜂女并肩战斗，在灭霸响指出现时，他因进入量子领域没有受到影响。
影片将故事背景设定在《美国队长3》的两年后，蚁人因此前的所作所为被软禁在家中，与此同时，皮姆博士一直在研究量子领域，想要将珍妮特从中救出，可反派幽灵的出现却使他的计划受到巨大威胁，不得已他只能寻求蚁人的帮助。
蚁人此次的技能有了明显的提升，不仅可以随意控制自己身体的大小，还可以任意改变物体大小，他和黄蜂女并肩作战，一起对抗幽灵，拯救珍妮特，珍妮特从量子领域出来后，则利用量子使幽灵恢复实体。
由于幽灵的身体不稳定，蚁人只能再度进入量子领域收集量子，此时则与《复仇者联盟3》的时间线相互重叠，彩蛋中，他进入量子领域后，守护在外的黄蜂女一家因为灭霸的响指灰飞烟灭。
