1、肥料过足
一般种子碗莲的泥土或是园土种的养分，是足够让碗莲正常生长的。但是施肥过多就是导致碗莲芽头腐烂，一般这种情况建议将盆土和水全部都换掉。
2、细菌病虫害
种植碗莲要求使用无污染的塘泥或者园土，盆土在使用前最好经过消毒处理后再种植碗莲，可以用暴晒，或者多菌灵混合等消毒。如果使用没有消毒过的盆土，里面含有虫卵以及细菌，碗莲种植后，在高热高湿的环境下，虫子会大量繁殖，引发芽头腐烂。
3、水质不行
碗莲发芽后，水质很重要，虽然碗莲是水生花卉，主要靠水养，但是水质的也有酸碱度，如果让碗莲长期处于碱性水质中，植株水土不服就会出现芽头腐烂的情况。可以适当在水中加入少量的硫酸亚铁，过一段时间后植株就能恢复正常了。
4、光照不足
碗莲喜光，只有保证充分的光照，碗莲才能够正常生长，并且碗莲的叶片也需要阳光进行光合作用。如果光照不足，植株不仅无法正常生长，还会出现芽头腐烂的情况。
