摄山栖霞寺为南朝古刹，以山多药草可以摄养故名摄山。初齐居士明僧绍隐居于此，会法度禅。师自黄龙来，讲《无量寿经》于山舍，僧绍深敬重之，因舍为寺以奉。时为齐永明七年也。后僧朗法师来自辽东，大弘三论之学，世称为江南三论之祖。僧诠、法朗诸师继之，其学益盛。先是僧绍欲于此山造佛像未果，其子仲纬继其志，与度禅师就西峰石壁造无量寿佛及二菩萨，高俱三丈有余。梁大同中，齐文惠太子与诸王又吝造大小诸佛像于千佛岩。
仁寿元年，隋文帝于八十三州造舍利塔，其立舍利塔诏以蒋州栖霞寺为首。最初称栖霞精舍，唐时改名功德寺、隐君栖霞寺，南唐时重修栖霞寺改名为妙因寺，宋代又改名为普云寺、栖霞寺、严因崇报禅院、景德栖霞寺、虎穴寺（因栖霞山又名虎穴山）。宋元以降兴衰不一。
明洪武五年（1372年）复称栖霞寺。明末清初云谷觉浪二师并加修葺。清乾隆帝五次南巡俱设行宫于栖霞，益增殊胜。太平天国以后乃趋萧条。清朝末年，太平天国与清兵作战时，栖霞寺毁于战火。
