1.
做底肥：在作物播种前，一般每亩用30～40公斤，将微生物菌肥与农家肥、化肥或细土混均后沟施、穴施、撒施，可改善土壤结构，提高养分利用率，预防土传病害的发生。
2.
蘸根或灌根：对于黄瓜、番茄、辣椒、茄子等育苗移栽的作物，可在移栽时，每亩用微生物菌肥10～20公斤，兑水3～4倍，进行蘸根或栽后灌于根部，可有效保护根系，阻止病菌侵染，减少土传病害的发生。
3.
做冲施肥：在作物生长发育期，可用易溶于水的微生物菌肥15～30公斤与化肥混合，用适量水稀释后灌溉时随水冲施，不仅能提高养分利用率，减少养分流失，还能预防土传病害的发生。
4.
拌种。播种前每亩取粉状微生物菌剂1000克，对入适量清水，搅拌均匀后再拌入麦种中，或每亩用颗粒型微生物菌剂1500~2000克，与麦种混合均匀后播种。用微生物菌剂拌种具有促进根系发育和促进分蘖的作用。
