事业单位机构合并后,编制会保留的。机构合并意味着把单位人员也合并到一起,事业单位人员是按照编制和岗位进行管理的,只合并机构不保留编制,人员没有编制是不行的。因此,合并机构的同时,一定要保留编制的。如果有空编不使用,是可以收回的。