1、发行时间不同：第三代社保卡是2021年开始规发行，2005年开始试点发行第二代社保卡.
2、制卡材质不同：三代以银行金融IC卡为载体，加载社保等各项应用，采用双界面、大容量卡芯片，增加数字证书、非接触式等应用，具有良好的拓展性和兼容性，二代社保卡仅含芯片，容量较小，可使用功能也少。
3、安全性能不同：三代卡将比二代卡更耐用，同时三代卡升级了国产加密算法，比二代卡更安全。
4、身份认证功能：三代可以开放人社各类信息的核验接口，支持政府其他部门及社会机构的身份认证集成应用；实现社保卡电子证照共享互识，解决群众在不同部门的政务服务平台重复注册、重复认证问题，实现减证便民。二代也可以使用身份认证，但可以支持范围较少。
5、医疗健康功能：三代与卫健等部门合作，实现电子社保卡就医结算全过程应用，实现全省及跨省异地就医社保卡直接结算。而二代使用不能够进行异地跨省就诊结算。
6、金融服务功能：三代能够开发社保卡在各类应用场景的线上线下收付服务，更好实现银行传统存取款、转账及安全便捷的理财服务，实现各类城市公共服务、生活消费的支付功能，而二代社保卡对于公共服务功能的使用比较少，基本上只能应用与医疗和养老金的存储。
7、异地就医更便利：持第三代社保卡异地就医的，在全国医保定点医院住院，只需交纳个人应担负部分，其余部分由医保经办机关和医院直接结算，个人不需求先垫支再跑回参保地报销。而二代社保卡部分医院不支持直接结算。
