加工中心刀具主要分为铣削刀具和孔加工刀具两大类。
铣削刀具的选择主要是铣刀类型和铣刀尺寸的选择。铣刀类型应与工件表面形状与尺寸相适应。加工较大的平面应选择面铣刀；加工凹槽或者是较小的台阶及平面轮廓时应选择立铣刀；加工曲面应选择球头铣刀；加工模具型腔或凸模成形表面等多选用模具铣刀；加工封闭的键槽选择键槽铣刀；加工变斜角面应选用鼓形铣刀；加工各种直的或圆弧形的凹槽、斜角面、特殊孔等应选用成形铣刀。当粗铣或铣不重要的加工平面时，可使用粗齿铣刀；当精铣时，可选用密齿铣刀，用小进给量达到低的表面粗糙度；当铣材料较硬的金属时，必须选用密齿铣刀，同时进给量要小，以防止振动。
铣刀尺寸也应与被加工工件的表面尺寸和形状相适应。刀具直径的选用主要取决于设备的规格和工件的加工尺寸，另外还要考虑刀具所需功率应在机床功率范围之内。粗铣时铣刀直径要小些，精铣时铣刀直径要尽量大些，最好能够包容整个加工宽度。表面要求高时，还可以选择使用具有修光效果的刀片。
而孔加工刀具可分为钻孔刀具、镗孔刀具、扩孔刀具和铰孔刀具。
（1）钻孔刀具较多，主要有普通麻花钻、可转位浅孔钻以及扁钻。用加工中心钻孔通常都会采用普通麻花钻，普通麻花钻主要由工作部分和柄部组成的。刀具柄部分为直柄和锥柄两种。直柄工具的刀柄主要是弹簧夹头刀柄，其具有自动定心、自动消除偏摆的优点，所以小规格的刀具最好选用该类型。而工作部分包括切削部分和导向部分，所示，麻花钻的切削部分有2个主切削刃、2个副切削刃、1个横刃。麻花钻的导向部位起导向、修光排屑和输送切削液作用。麻花钻一般用于精度较低孔的粗加工，由于加工中心所用夹具没有钻套定心导向，钻头在高速旋转切削时容易会发生偏摆运动，而且钻头的横刃长，所以在钻孔时，要用中心钻打中心孔，用以引正钻头。
（2）镗削的主要特点是获得精确的孔的位置尺寸，得到高精度的圆度、圆柱度和表面粗糙度，所以，对精度较高的孔可用镗刀来保证。镗刀按切削刃数量可分为单刃镗刀和双刃镗刀，镗削通孔、盲孔、阶梯孔可采用单刃镗刀来完成；加工大直径孔时，可采用双刃镗刀。另外，还有一种微调镗刀，在加工中心上目前较多地选用微调镗刀进行孔的精镗，这种镗刀调节方便且精度高。
（3）加工中心多采用扩孔钻进行扩孔，也有用扩孔刀进行扩孔的，比如扩孔直径较小时，可选用直柄式扩孔刀；扩孔直径中等时，可选用锥柄式扩孔刀；扩孔直径大时，可用套式扩孔刀。另外，还可用键槽铣刀或者立铣刀进行扩孔，它比用普通扩孔钻进行可控的加工精度要高。因为立铣刀的圆柱表面和端面上都有切削刃，可以同时进行切削，也可单独进行切削，且加工中心的刀具既能轴向进给，也可以像卧式铣床那样做横向进给。因此，在加工中心上用螺旋插补指令，采用立铣刀扩孔，只选用一把刀具就可完成多个不同孔径的加工。
（4）铰孔一般在加工的最后阶段，大部分用于直径小于Φ25mm孔的精加工。因为铰孔的齿数多，导向好，容屑槽浅，刚性好，加工后孔的尺寸精度可达IT7～IT9级，表面粗糙度可达Ra1.6～0.8μm。普通标准铰刀有直柄、锥柄和套式三种。小孔直柄铰刀直径为16mm，直柄交到直径为6～20mm，锥柄铰刀直径为10～32mm，套式铰刀直径为25～80mm，加工时可根据需要选择。
