1、外形：公鹦鹉鱼和母鹦鹉鱼的外形差别是比较大的，首先可以从这个方面来判断。首先是它们的背鳍和臀鳍。若是公鱼的话，那么它们的背鳍、臀鳍都是比较长的，某些公鹦鹉鱼的背鳍和臀鳍会比尾鳍都长；不过，母鹦鹉鱼的背鳍、臀鳍相对来说都会比较短。再者就是它们的生殖孔。若是公鱼，那么它们生殖孔的突起部分是比较小的；若是母鱼，那么它们生殖孔的突出部分比较大，很明显。最后是它们的腹部，公鱼的腹部很平滑，母鱼的腹部则会膨胀一些。尤其是到了繁殖期的时候，差别是很容易看出来的。
2、颜色：另外，还可以通过它们的颜色来区分。公的鹦鹉鱼的体色会比较红，母鱼的颜色比较淡，而且在养殖的过程中母鱼容易褪色。
3、性情：最后还可以通过它们的性格来判断。公鱼的性情相对来说都是比较凶的，它们会比母鱼活泼，也好斗。
