可能会延迟航班，虽然飞机起飞后的高度要高于雷雨云层，但是打雷的时候飞穿过雷雨层是非常危险的。
闪电击中飞机，常常导致无线电通讯中断或设备损坏、电子设备遭受干扰、罗盘等部件磁化，严重影响飞机的通讯、定向和导航。雷电还会使机身感应带电，造成着陆放电危险。雷电还会破坏地面导航设施，影响地面灯光效果等。
雷雨是在空气极端不稳定的情况下产生的极端天气现象。普通降水一般影响机场的能见度和云底高，但雷雨除了会造成低能见度和低云高以外，还伴有雷电、强风强降水、风切变、强颠簸等恶劣天气现象，这些气候现象会对飞行安全构成严重威胁。
雷电可能损伤飞机机体，影响飞行中的无线电通讯及驾驶舱电子设备的正常工作，进而影响飞机的定位和导航;强风和强降水会造成能见度骤降，低于运行标准，如果发生在着陆阶段，将造成飞机着陆姿态不稳，甚至有可能造成偏离跑道。
伴随雷雨产生的不稳定气流会造成低空风切变，在飞机着陆阶段可能造成飞机空速的突增或者骤减，导致飞机机身突然上扬或下冲，严重影响飞行操纵。
除了机场雷雨天气会影响航班运行以外，飞行途径的航路天气也会影响旅客的出行情况。当航路受雷雨天气影响无法正常使用时，飞行员通常采用航路绕飞的方式规避风险;当航路被大面积雷雨覆盖难以绕飞时，出于安全角度考虑，航空公司一般会延误航班，等待天气好转后再执行。
雷雨天对飞机的影响
雷雨天气飞机有影响吗 雷雨天坐飞机会有危险吗
雷雨天坐飞机
(1)雷雨产生的强降水会使飞机表面粗糙，使飞机阻力增加，升阻比减小安全操纵性变差等;
(2)雷雨天气的强降水也使得能见度变差，降低飞机风挡玻璃的清晰度，在降落的时候影响驾驶员对高度的判断;
(3)雷雨天气带来的另外一个常见的现象就是雷击，当飞机在云中飞行时，雷电会对飞机的通讯设备造成电离干扰。
(4)雷雨天气还常伴有冰雹，雹击将对飞机机体、驾驶舱的风挡玻璃和机身各个表面都造成严重的撞击;
(5)积冰也是雷雨天气影响安全飞行的一个重要因素，雷雨云中含有大量的过冷水滴，当云中的过冷水滴碰到飞机机体后，容易在飞机的一些部位凝结结冰。
(6)在雷雨发生的时候，在地面不仅能看到强降水和闪电，还经常会感受到大风。而在空中不仅存在着水平方向的气流，还存在着垂直方向的气流。飞机在此种气流中飞行，将遭受不规律的上下左右的晃动
