创新生态系统是指一个区间内各种创新群落之间及与创新环境之间，通过物质流、能量流、信息流的联结传导，形成共生竞合、动态演化的开放、复杂系统。今天，创新生态系统已经散布在各个尺度上，从国家、区域、城市到产业、企业。
创新生态系统拥有三个主要特征：一是多样性共生。创新物种的多样性是创新生态系统的一个根本特征，是其保持旺盛生命力的重要基础，是创新持续迸发的基本前提。多样性要求创新生态系统应容纳尽可能多的“创新基因库”，而竞争性合作共生则促使着创新生态系统达到最适宜的多样性程度。
二是自组织演化。市场机制促进着系统的良性变异、创新的优化选择、知识的学习扩散，遗传—变异—选择在这个过程中交替着发挥作用。通过加强政策学习和创新治理，政府在推动制度创新、保持对创新最大弹性的宽容方面表现更为出色。
三是开放式协同。创新生态系统不断从外部引入新物种和新要素，深刻影响着创新群落演替和系统整体涨落。在一个国家或区域的创新生态系统中，研究群落、开发群落、应用群落、服务群落在充分互动、高度协同中演进。
