二级响应和三级响应的主要区别在于响应级别和应对措施的不同。
二级响应是仅次于最高级别的应对措施，通常是指在重大突发公共卫生事件发生时采取的紧急应对措施。例如，在一个县（市）行政区域内，一个平均潜伏期内（6天）发生5例以上肺鼠疫、肺炭疽病例，或者相关联的疫情波及2个以上的县（市），就需要启动二级响应。二级响应的主要措施包括立即组织专家进行分析研判，对突发公共卫生事件影响及其发展趋势进行综合评估，由省人民政府决定启动级应急响应，并向各有关单位发布启动相关应急程序命令，省指挥部立即派出工作处置等工作。
三级响应是级别低于二级响应的应对措施，通常是指在较大突发公共卫生事件发生时采取的紧急应对措施。例如，在一个行政区域内发生群体性不明原因疾病事件，或者在传染病流行期间发生腺热伤寒、霍乱等传染病时，就需要启动三级响应。三级响应的主要措施包括组织各单位成员和专家进行分析研判，对事件影响及其发展趋势进行综合评估，由地级以上市人民政府决定启动级应急响应，并向各有关单位发布启动相关应急程序命令，必要时，省卫生计生委派出工作组赶赴事件发生地，指导地级以上市、省直管县（市、区）突发公共卫生事件应急指挥机构做好相关应急处置工作。
总的来说，二级响应和三级响应在响应级别和应对措施上存在差异，二级响应更高层次、更全面的应对措施，而三级响应则是在较小范围内的应对措施。
