1、制水培箱：水培箱主体是一个不透水的箱体，可使用盆罐、木箱等，最好是采用聚苯乙烯泡沫塑料箱，箱体上镶嵌着同等长宽的泡沫塑料浮板用来承载装有菜苗和机质的小塑料碗或杯，在浮板上打孔，孔径以刚好承载住定植杯为宜。
2、配营养液：水培蔬菜营养液配方较多，广泛应用的凡尔赛营养液配方为1升水中硝酸钾0.568克、硝酸钙0.710克、磷酸铵0.142克、硫酸镁0.284克、氯化铁0.112克、碘化钾0.00284克、硼酸0.00056克、硫酸锌0.00056克、硫酸锰0.00056克。
3、定植基质：幼苗可采用营养土事先育好，在幼苗长有2叶1心至4叶1心期定植，用草炭与水洗炉渣按1：1配制成定植基质。在定植杯杯底部打孔，穿入约2厘米宽，长约10厘米的无纺布条，无纺布条入杯长度约3厘米。定植杯内先放入1/2的基质，然后植入小菜苗，再加基质定植。
4、幼苗定植：幼苗植入时尽量使小苗的根直且不受伤，水培箱内加入半量营养液，定植杯镶嵌于浮板各孔上，无纺布条要露出浮板底部至少3厘米。定植好的浮板镶嵌于水培箱上，调节液面以液面刚好接触定植杯底部为准。
