1、分类不同。
奇蹄目是哺乳动物下的一个目，因趾数多为单数而得名。偶蹄目也作鲸偶蹄目，是哺乳动物的一个大型分支。陆生种类四足各有四趾或二趾，趾甲极度特化，呈角质蹄。因每足的蹄甲数为偶数(四或二)故称偶蹄目。
2、特点不同。
原始奇蹄动物的脚趾是前四后三，现生的奇蹄动物貘就是这样的脚趾结构。奇蹄目成员胃简单，不具备偶蹄目部分成员那样多的胃室，但盲肠大而呈囊状可协助消化植物纤维。偶蹄目源自5000万年前，始新世的踝节目，演化至今已成为哺乳类中最繁盛的家族之一。现存300余种，可分4个亚目：胼足亚目、猪形亚目、反刍亚目、鲸河马亚目。
3、价值不同。
奇蹄目除有科学研究的价值外，在动物园展出中亦占重要地位。某些野生马类还可与同类的家畜杂交，供改良育种的科学实验用。各国已采取措施，积极保护这类珍稀动物。
