1、性质不同：石花菜和海石花的外观虽然有些相似，但两者是性质不同的两种存在，石花菜是一种生长在海洋中的藻类生物，它属于石花菜科，而海石花则是动物脊突苔虫死亡以后的干燥，骨骼在海洋中经常时间冲刷形成的一种物质。
2、形态不同：石花菜和海石花的形态也有明显不同，石花菜是一种藻类生物，它的藻体为紫红色或者棕红色，这种生物扁平直立以重生为主，而且有羽状的分支，海石花这种生物形态类似于珊瑚，多为不规则的块状。
3、分布范围：石花菜和海石花的分布范围也不同海，石花主要分布在中国南方沿海，而石花菜是一种主要分布在亚热带海域藻类生物，它在中国福建和台湾等地的海域中比较常见中国渤海和黄海的浅活地区也有一定的数量的出产。
4、食用方法：石花菜和海石花的食用方法有明显区别，这话都会被人们制成工艺品，很少有食用的记载，而石花菜这是一种能供人类食用的健康食材，人们可以用它制作凉拌菜，还可以用它提取琼脂，它的食用价值比海石花要高很多。
