氨基酸的分子结构相比于蛋白质要简单的多，所含的物质要比蛋白质少。而鱼蛋白的主要成分有氨基酸、多肽、蛋白质，此外还有一些微量元素和脂类、维生素等，成分比较复杂，功能较氨基酸来说更多元化和明显。
2、从成本上比较
鱼蛋白的成本价格要比普通氨基酸肥要高一些。
3、从效果上比较
一般情况下，鱼蛋白的功能和效果要比氨基酸更加显著。（不过，不同产品的成分、含量、工艺各不相同，具体效果要根据实际情况判断。）
4、使用上对比
如果为了提高肥料利用率，加速营养元素吸收，补充微量元素，建议氨基酸类的肥料，这类产品成本相对低点，与其他无机肥料混合冲施能有效提高无机肥料的利用率。
如果为了提高作物的抗性，抵御不良环境（低温、干旱、洪涝、药害等）带来的伤害，那鱼蛋白更适合。
