剑鱼同旗鱼是不同的物种,属于不同的科属。它们最明显的区别是背鳍,旗鱼巨大的背鳍展开后,就像船帆和旗帜一样,因此而得名。而剑鱼的背鳍偏小,类似鲨鱼鳍。它们的“长剑”长度也不一样,剑鱼的喙占了体长的三分之一,要比旗鱼长一些。