品种不同
红肉菠萝蜜属于出果率较高的一个品种，果肉中的果丝比较少。黄肉菠萝蜜则属于出果率较低的一个品种，果肉中的果丝比较多。
从品种上看，红肉菠萝蜜和黄肉菠萝蜜是两个完全不同的品种，前者中的果丝较少，出果率要高于后者。
外观不同
红肉菠萝蜜的整体轮廓呈椭圆形，个头以中等大小居多。它里面的果肉呈橙红色，颜色要比黄肉菠萝蜜深一些。
而黄肉菠萝蜜的整体轮廓呈长椭圆形，个头比红心菠萝蜜大很多，也长很多。它里面的果肉呈淡黄色，颜色要比红肉菠萝蜜浅。
口感不同
红肉菠萝蜜的果肉更加饱满，肉质肥厚，香味浓郁，吃起来又甜又脆。而黄肉菠萝蜜的果肉没红肉菠萝蜜厚，香味和甜味都要更淡一些。
有相关甜度检测数据表明，红肉菠萝蜜的果肉甜度一般在25度左右，黄肉菠萝蜜的果肉甜度则在17度左右。
