1、含义上的区别：
程序法是规定以保证权利和职权得以实现或行使，义务和责任得以履行的，有关程序为主的法律，程序法是正确实施实体法的保障。实体法是指规定具体权利义务内容或者法律保护的具体情况的法律。
2、主要内容上的区别：
程序法基本包括民事程序法、刑事程序法以及行政程序法。民事实体法所规范的实体权利（所有权、债权等等）必须经由审判的过程才能加以实现；刑事程序法是国家为确定对于人民刑罚权的刑事审判程序所适用的法律；行政程序法是规范行政机关在从事行政行为时遵守的正当法律程序。
实体法主要包括民商法、行政法、经济法、刑事法等。民商法与人民日常活动的关系最直接、最密切。人身、财产等权益受民商法受到民商法的调整；在社会主义市场经济条件下，经济法在国家监督与协调经济运行过程中发挥重要作用；刑事法是保护国家和人民的利益、维护社会稳定的需要。
3、功能上的区别：程序法的主要功能在于及时、恰当地为实现权利和行使职权提供必要的规则、方式和秩序。
实体法的主要功能在于规定和确认权利和职权以及义务和责任。法律上的权利是法律关系主体（也称为权利主体），这种权利的实现归根结底将给权利主体带来有形或者无形的利益。
