百香果是浅根系植物，喜湿润，既忌积水又怕干旱。百香果速生快长，枝叶生长量大，除需要充足的肥料外，还需要大量的水分，新梢萌发期，花芽分化以及果实迅速膨大期（果实发育前中期）是需水关键时期。而在花芽生理分化前及果实生长后期需要较干燥的环境，这有利于果实品质的提高。
轻微的土壤缺水下，会严重限制百香果的营养生长和产量。土壤若是过于干燥（水势=-150帕），会影响藤蔓及果实发育；严重时，枝条凋萎，果实不发育，并常发生落果现象。因此，对百香果也应实行灌溉，灌溉周期为14天或28天的效果最佳。在春季或夏初的土壤如果缺水，也会影响花芽分化并直接造成夏季产量的下降。为了获取最髙的产量，在开花结果期间，水分偏少时要灌溉，保证土壤水分充足，以提高产量。
灌水过量或雨水过多而造成浸水时，对百香果的生长也是不利的。根系浸水1天后即受抑制，短期浸水使根生长量减少，中等程度浸水会影响侧根的发生和原有细根的生长，长时间浸水会使原有根系完全遭受破坏，需由茎与根基部或水面以上部分长出不定根，来取代原有根系。所以，即使短期的浸水也可对百香果植株造成极大伤害，而地下部位所受的伤害最为严重。由于根部是植物吸收养分的主要器官，浸水后使吸收能力最强的新生部位受到伤害，造成吸收面减少，根部植物生长素合成与转运量的减少，对整个作物的生长极为不利。
