1、含义上的区别
普通高等学校，简称“普通高校”，是由国家教育部或省级教育行政部门（含自治区、直辖市等）主管的实行高等教育的学校。
独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校，因而独立学院学费是公立大学的三到四倍。
2、性质上的区别
普通本科院校是公办的高等院校。经过国家教育行政部门批准或备案。
独立学院是民办高等教育的重要组成部分，属于公益性事业，依法享有民办教育促进法、民办教育促进法实施条例规定的各项奖励与扶持政策。
