人粪尿无害化处理的方式主要有建沼气池、高温堆肥和建生态厕所，生态厕所的地下设有沼气池，其原理都是利用细菌、真菌等微生物分解人粪尿中的有机物，释放能量，产生高温，高温可以杀死人粪尿中的各种病菌和虫卵，从而达到无害的目的。
生产沼气的原理是：沼气池里的人粪尿、禽畜粪尿和农作物秸秆中含有很多有机物，可以被细菌利用，在无氧的环境中，一些杆菌和甲烷菌等细菌通过发酵把这些物质分解，产生甲烷，可以燃烧，用于照明、取暖等，是一种清洁的能源．
高温堆肥原理是：利用细菌、真菌等微生物的呼吸作用，分解人粪尿中的有机物，释放能量，产生高温，高温可以杀死人粪尿中的各种病菌和虫卵，从而达到无害的目的
