从名字上就可以看出异同：
同：都是作为载体，将目的序列递送到靶细胞内部。
异：
根本性质不一样：一个是质粒DNA，一个是病毒；
进入细胞方式不一样：质粒通过转染进入目的细胞，病毒通过感染进入目的细胞，特异性更强，且效率更高；
所搭载的序列形式及其发挥功能的方式可能不一样：质粒DNA所搭载的目的序列是DNA，并且DNA通常需要进入细胞核才能行使相应的功能；病毒载体搭载的序列可以是DNA，也可以是RNA，而RNA序列通常不需要入核行使功能，并且如果是进行宿主基因组的同源重组，病毒载体效率更高。
包装方式不一样：质粒通常是在原核细胞内进行扩增后提纯；病毒载体通常在真核细胞内包装后逐步扩大培养后裂解细胞/收集上清后提纯获得。
保存方式不一样：质粒通常稳定性非常好，对温度不敏感；病毒不一样，一般需要低温冷冻保存，对温度很敏感，反复冻融对活力影响也非常大。
在疫苗应用中：质粒DNA作为DNA疫苗的载体，通常免疫原性较低，需要使用脂质体或者电击枪用于增强DNA进入细胞；病毒载体疫苗免疫原性较好，通常很容易诱导较强的抗体和T细胞免疫原性，但往往受限于预存免疫
