一、春季修剪
春季温度回升后柠檬树就开始萌发，会长出大量新的枝叶，此时主要是针对新枝叶、新梢进行修剪的。若是枝条上萌发的新芽点过多需要适当修剪，这样才可促使分枝生长，株形才会变得更丰满，为后期开花、结果、丰产打下基础。注意，修剪的伤口必须要保证平整，且要选晴天的时候进行修剪，这样伤口愈合的更快，柠檬树恢复的更快。
二、夏季修剪
柠檬树夏季的修剪非常重要，此时先要进行抹芽，将树枝上萌发的过密芽点、晚发的芽点、无用芽点以及过于瘦弱的芽点全部剪掉，只保留健壮的芽点即可，且要将基部萌发的芽点直接剪掉。还要摘心处理，将顶端的嫩芽剪掉，促使生长重点下移。还要疏剪过密枝，短截徒长枝，促使养分更集中，内部通风性更好。此外，还要根据柠檬树整体的树形进行拉枝处理，保证内部透光更好，枝条更好的萌发。注意，夏季温度高，雨水多，修剪后一定要在伤口处喷洒杀菌药物，避免滋生细菌。
