1.水温低于20℃一般不建议使用芽孢杆菌。因为水温低，会导致菌种生长缓慢，优势种不能迅速形成。使用效果不明显。水温在25℃以上时，建议使用芽孢杆菌。芽孢杆菌是一种好氧或兼性厌氧呼吸的杆状有益菌，能产生抗逆芽孢。水产品中使用的有益芽孢杆菌主要是枯草芽孢杆菌。
2.使用时，先将细菌、红糖、水按0.5: 1.5: 25的比例浸泡2小时以上。浸泡过程中，可以用小气泵充气。因为枯草芽孢杆菌的繁殖需要大量的氧气，所以建议在晴天的上午9点到11点使用，保证氧气充足。
3.阴天不建议使用芽孢杆菌，因为芽孢杆菌激活后会消耗水中的氧气，阴天使用会造成缺氧。而且，芽孢杆菌不能与抗菌药物或消毒剂一起使用。
