1.
手动清理：清理菌膜最直接的方法就是手动清理。将长菌膜的石头、沉木等东西取出，然后把它从上面刷掉就可以了，之后用清水冲洗一下，再重新放回鱼缸内，最好用原缸水洗，这样的水洗完也更安全。
2.
养鱼清理：如果不想手动清理，也可以养一些鱼，有的鱼会将菌膜吃掉，比如小猴飞狐、孔雀鱼、 熊猫鼠等。也可以养黑壳虾，如果是冷水鱼的话，放虾虎鱼或吸鳅也可以，它们都有清理菌膜的特性。
3.
自然分解：正如上面提到的，菌膜在持续一段时间后会自然分解，因为缸内的硝化系统已经建立完毕，有机物分解后的物质会由硝化细菌负责转化，菌膜中的菌类也就失去了营养来源，所以也就慢慢消失了。
