微生物肥料的种类不同，用法也不同：
1.液体菌剂的使用方法
(1)种子上的使用
①拌种：播种前将种子浸入10—20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿，使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种。
②浸种：菌剂加适量水浸泡种子，捞出晾干，种子露白时播种。
(2)幼苗上的使用
①蘸根：液态菌剂稀释10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入液体沾湿后立即取出即可。
②喷根：当幼苗很多时，可将10—20倍稀释液放入喷筒中喷湿根部即可。
(3)生长期的使用
①喷施：在作物生长期内可以进行叶面追肥，把液态菌剂按要求的倍数稀释后，选择阴天无雨的日子或晴天下午以后，均匀喷施在叶子的背面和正面
②灌根：按1：40—100的比例搅匀后按种植行灌根或灌溉果树根部周围。
2.固体菌剂的使用方法
(1)种子上的使用
①拌种：播种前将种子用清水或小米汤喷湿，拌入固态菌剂充分混匀，使所有种子外覆有一层固态生物肥料时便可播种
②浸种：将固态菌剂浸泡1～2小时后，用浸出液浸种。
(2)幼苗上的使用。将固态菌剂稀释10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入稀释液中蘸湿后立即取出即可。
(3)拌肥。每1000克固态菌剂与40—60公斤充分腐熟的有机肥混合均匀后使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。
(4)拌土。可在作物育苗时，掺入营养土中充分混匀制作营养钵;也可在果树等苗木移栽前，混入稀泥浆中蘸根。
