冰间湖的形成原因可以分成两种，绝大多数冰间湖由两种机制共同作用而形成。第一种是海冰在风或海流作用下产生的（学术上称作潜热型冰间湖，Latent-heat polynyas）。南极冬天盛行下降风，强风由高海拔南极内陆吹向低海拔边缘区，因此在冰架边缘形成的浮冰会被风推到外海，从而在南极大陆边缘和外海海冰之间形成了近岸冰间湖。
另一种是通过上升流、垂向混合和深海对流将海洋热量输送至表层，阻止海冰的凝结或加强海冰的融化而形成（学术上称作显热型冰间湖，sensible-heat polynyas）。此类冰间湖比较少见。
