秦琼被封为正三品的左武卫大将军,
食实封700户,考虑到他之前有个从一品的翼国公爵位,加之后来秦琼在凌烟阁二十四功臣中排名最末,很多人据此认为秦琼受到了李世民的薄待,而这种薄待是因为秦琼并没有参加玄武门之变。