不止南明承认朱允炆的合法性，其实朱棣的后代都应该承认朱允炆的合法性，因为朱允炆是太祖朱元璋亲自传位，指定的继承人，继承帝位非常合法。南明更承认也更多是因为他们在南京短暂存在过吧。
由于朱元璋的长子朱标英年早逝，朱元璋并没有考虑其他皇子，而是直接把朱标的长子朱允炆定位了接班人，自己驾崩后朱允炆也毫无悬念的继承帝位。由于朱允炆削藩的骚操作让众多藩王痛苦不堪，朱棣靖难成功后进军南京，自己称帝是为永乐，同时将朱允炆的建文年号废除算入了朱元璋的洪武年号，等于朱棣不承认朱允炆的帝位。由于朱棣不承认，朱棣后面的子孙自然不敢自作主张地承认朱允炆。
但这也是朱棣自己的一厢情愿，朱允炆的帝位是从朱元璋手里继承过来的，就算再怎么不承认，朱允炆也是明朝合法的皇帝。
