以水稻为例：南方春耕时，对有肥田草和稻草还田的田块，每亩播洒0.5公斤EM菌制成的500公斤稀释液沤田；没有肥田草和稻草还田的田块，每亩施10公斤EM菌稀释液发酵堆肥。用0.5%EM菌液浸种2-4小时后播入秧场。秧苗长到2-3片叶时，用0.1%EM菌液喷洒两次，提高成秧率。
插秧前，用0.2%EM菌液泡根5分钟，保苗促长。移栽期，追施EM菌堆肥每亩50公斤或用EM菌随水浇灌。生长分蘖期、孕穗期、抽穗期分别用0.2%EM菌液（每0.2斤EM菌稀释液加水100斤）喷洒叶面也可视长势每周叶面喷施一次1%EM菌液（每1斤EM菌液加水100斤）。用EM菌稀释液除草。
