朱元璋鉴于北元的威胁，也曾多次对北方用兵。
洪武三年，朱元璋以徐达为征虏大将军，再次大败北元大将王保保，俘虏北元官员近2000人。此时元顺帝已经驾崩，太子爱猷识理达腊率领残余势力退往和林。经此一战，北元的实力大损，势力全面北缩。洪武五年，朱元璋再次起大军十五万，分兵三路，出击漠北。这次用兵，虽然明军兵力雄厚，但是并没有取得多大的战果，只有西路军获胜。此次战役之后，朱元璋改变了对北元的策略，主要以防守为主，北元和明朝开始了一段相对和平的对峙时期。洪武二十年（1378），朱元璋又任命冯胜为大将军，率军征讨北元，收回了辽东地区，迫使北元西撤。次年，蓝玉又奉旨率军十万，追击北元残余势力，元主脱古思帖木儿西逃，后被部将所杀。元主死后，北元陷入混乱之中。建文三年（1401年），鬼力赤杀掉了北元最后一位君主坤帖木儿，自立为汗，废除北元国号，该称鞑靼，北元至此灭亡。
