干巴菌的菌实体中夹杂着腐草、松毛和泥沙，必须认真地清理，买回家的干巴菌要顺其纹理，把它撕成瓜子大小的形状，边撕边摘除里面的杂物。
干巴菌要是有松毛，先清理长在干巴菌里面的松毛，再用小刀把根部的表面层轻轻刮掉。将干巴菌削去泥土，拣净杂质，成块地用棕刷逐一刷洗泥沙，并进一步剔除夹在菌体内的木屑和杂草，撕拣完毕，再用清水捏洗数次。
把干巴菌去根、去杂草，撕成小条盛入盆内，然后加入少许清水和面粉拌匀捏透，反复淘洗多次，漂去泥沙和杂草捞出，挤出水分就可以了，据说面粉清洗法是最干净最快速的一种，因为面粉可以轻易的带走黏在干巴菌身上的杂物。
